Arus Pelangi dibentuk pada tanggal 15 Januari 2006 di Jakarta. Pendirian Arus Pelangi didorong oleh kebutuhan yang mendesak di kalangan Lesbian, Gay, Biseksual, Transseksual/Transgender (LGBT) – baik individu maupun kelompok – untuk membentuk organisasi massa yang mempromosikan dan membela hak-hak dasar kaum LGBT.